在森林的深处，他们遇到了一只巨大的石头怪。石头怪身体坚硬无比，它挥舞着巨大的手臂，向他们砸来。笨笨勇敢地冲上去，用它的身体挡住了石头怪的攻击。但石头怪的力量太大了，笨笨被砸得摔倒在地。跳跳和灵灵赶紧跑过去，扶起笨笨。灵灵仔细观察石头怪，发现它的关节处有一些缝隙。它让跳跳和笨笨吸引石头怪的注意力，自己则绕到石头怪的身后，用一根尖锐的树枝插入石头怪的关节缝隙中。石头怪的身体开始摇晃起来，最终轰然倒地。

经过几天几夜的艰难跋涉，他们终于来到了勇气神殿前。勇气神殿高大而雄伟，大门紧闭着，周围弥漫着一股神秘的气息。他们试图推开大门，但大门纹丝不动。就在他们感到绝望的时候，灵灵突然想起了智慧树爷爷说的话：“只有拥有无比勇气的人才能拔出勇气之剑。”它意识到，也许他们需要先证明自己的勇气，才能打开大门。

于是，跳跳鼓起勇气，对着大门大声说：“我是跳跳，我要为了保护彩虹山谷，勇敢地面对一切困难！”笨笨也大声说：“我是笨笨，我不会害怕任何危险，我要和伙伴们一起打败黑暗巨龙！”灵灵接着说：“我是灵灵，我会用我的智慧和勇气，帮助大家拯救彩虹山谷！”

就在他们说完的瞬间，大门缓缓打开了。他们走进神殿，神殿里摆放着一把闪耀着金色光芒的剑。跳跳走上前去，伸出手，轻轻握住了剑柄。奇迹发生了，剑发出一阵耀眼的光芒，跳跳轻松地将剑拔了出来。原来，他们用自己的勇气唤醒了勇气之剑。

他们带着勇气之剑回到了彩虹山谷。此时，黑暗巨龙正在山谷里肆虐，小动物们都在痛苦地挣扎着。跳跳、笨笨和灵灵挥舞着勇气之剑，向黑暗巨龙冲去。黑暗巨龙看到他们手中的剑，眼中闪过一丝恐惧，但它还是嘴硬地说：“就凭你们几个小家伙，还想打败我？简直是做梦！”

跳跳灵活地躲避着黑暗巨龙的攻击，然后找准时机，用剑刺向黑暗巨龙的腿部。笨笨则用它的力量，紧紧地抱住黑暗巨龙的身体，让它无法挣脱。灵灵在一旁观察着黑暗巨龙的弱点，指挥着跳跳和笨笨的攻击。在他们的配合下，黑暗巨龙渐渐体力不支。

最后，跳跳高高跃起，用尽全身的力气，将勇气之剑刺进了黑暗巨龙的心脏。黑暗巨龙发出一声惨叫，身体化作一团黑烟消失了。彩虹山谷又恢复了往日的美丽和宁静，花朵重新绽放，小溪又开始欢快地流淌，彩虹也再次出现在了山谷的上空。

小动物们欢呼雀跃，纷纷感谢跳跳、笨笨和灵灵。从那以后，他们成为了彩虹山谷的英雄，他们的故事在山谷里代代相传。而他们也明白了，只要有勇气，就没有克服不了的困难。彩虹山谷又过上了快乐而幸福的生活，小动物们期待着未来还会有更多美好的事情等待着他们。